Un fuerte apoyo a la hipótesis de que los genes están en los cromosomas, provino de los estudios hechos por el genetista Morgan y su grupo en la mosca de la fruta Drosophila melanogaster. Dado que es fácil de criar y mantener, la Drosophila ha sido y es usada en una gran variedad de estudios genéticos.
Los trabajos de Morgan a principios del siglo XX son fundamentales para establecer la Teoría Cromosómica de la Herencia, según la cual son los cromosomas (y los genes contenidos en ellos) los que se heredan. En un cromosoma determinado, los genes están dispuestos en un orden lineal fijo a lo largo del mismo los cromosomas, y los alelos de un gen dado están en sitios (loci) específicos en cromosomas homólogos.